CONSEJO DE CIENCIA, TECNOLOGÍA E INNOVACIÓN DE LA UNE (CONCITUNE).
Este consejo está integrado por Decanos de las Facultades y Directores de Escuelas, tiene como objetivo principal, asesorar al Rector en el estímulo y promoción de la investigación científica y tecnológica, la generación, difusión y transferencia de conocimiento, la invención, la innovación, la educación científica y tecnológica, el desarrollo de tecnologías y la correspondiente gestión.

COMITÉ CIENTÍFICO DEL CONSEJO DE CIENCIA, TECNOLOGÍA E INNOVACIÓN DE LA UNE – CONCITUNE.

El objetivo del comité es emitir propuestas y recomendaciones que coadyuvan a la mejora continua del desarrollo de las actividades relacionadas a actividades de investigación, desarrollo e innovación, según las políticas de la Universidad Nacional del Este.

ASOCIACIÓN DE UNIVERSIDADES DEL GRUPO MONTEVIDEO (AUGM)
El objetivo de la Asociación de Universidades del Grupo Montevideo (AUGM) es el de impulsar el proceso de integración a través de la creación de un espacio académico común ampliado, en base a la cooperación científica, tecnológica, educativa y cultural entre todos sus miembros.

RED DE COOPERACIÓN INTERUNIVERSITARIA EN TICS DEL MERCOSUR (RECITIC)
La misión de la RED DE COOPERACIÓN INTERUNIVERSITARIA EN TICS DEL MERCOSUR es asistir en el fortalecimiento de la investigación y la docencia en el ámbito de las TICS, promoviendo la generación de proyectos de colaboración, intercambio y  promoción de actividades científicas y académicas en el ámbito de las Instituciones integrantes de la RED.

 ZONA DE INTEGRACIÓN CENTRO OESTE DE AMÉRICA DEL SUR (ZICOSUR)
El objetivo de esta red es promover acciones para el desarrollo de la región y colaborar con los gobiernos respectivos en la identificación de ejes estratégicos que fortalezcan el proceso de toma de decisiones. Además, fomentar el bienestar de los habitantes y construir una visión integral en toda la región, potenciando los efectos sinérgicos que se pueden desarrollar a partir de su creación.

PROYECTO INNOVA ERASMUS+
El Proyecto Innova recibe un importante respaldo del Programa Erasmus+ de la Unión Europea que fomenta la investigación e innovación con enfoque en el cambio climático. La iniciativa integra a tres universidades de Paraguay, entre ellas la UNE, cuatro universidades de Bolivia, más los Ministerios de Educación de ambos países. También participan la Universidad de Alicante, España, y la Universidad Portucalense de la ciudad de Oporto, Portugal.

FACULTAD POLITÉCNICA – UNE Y EL INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES DE LA UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO (BRASIL)
El objetivo de la vinculación entre estas dos instituciones es el de promover el intercambio de experiencias en el ámbito de la docencia e investigación.

FACULTAD POLITÉCNICA – UNE Y EL PARQUE TECNOLÓGICO ITAIPU – LADO PARAGUAYO (FPTI)
La vinculación entre estas dos instituciones tiene por objetivo realizar trabajos de investigación en áreas de interés como: energías renovables, movilidad eléctrica y automatización y control.

FACULTAD POLITÉCNICA – UNE Y LA SECRETARÍA NACIONAL DE TURISMO (SENATUR)

La vinculación entre estas dos instituciones tiene por objetivo realizar actividades que fortalezcan la docencia, extensión y la investigación desarrollada en la institución.